衍射數(shù)據(jù)是晶體內(nèi)部結(jié)構(gòu)的真實(shí)反映。晶體結(jié)構(gòu)的內(nèi)部堆積的情況，會(huì)*反映到衍射圖的質(zhì)量上。高質(zhì)量的晶體才能獲得高質(zhì)量的數(shù)據(jù)，進(jìn)而才能得到準(zhǔn)確的結(jié)構(gòu)。但是從晶體到數(shù)據(jù)，有時(shí)并不是一帆風(fēng)順的。D8 VENTURE/QUEST單晶衍射儀能夠幫助我們獲得高質(zhì)量，準(zhǔn)確的衍射圖。但是從衍射圖像到衍射數(shù)據(jù)，需要準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)還原和校正。hhkl文件雖然只是一些數(shù)字，但是影響衍射點(diǎn)強(qiáng)度數(shù)值的因素有很多。

  對(duì)于化學(xué)晶體來(lái)說(shuō)，晶體對(duì)X射線(xiàn)的吸收是需要考慮的重要因素?，F(xiàn)在高強(qiáng)度的Cu/Ga靶，在小分子晶體學(xué)中開(kāi)始得到越來(lái)越廣泛的應(yīng)用，因而對(duì)于很多強(qiáng)吸收的晶體，衍射數(shù)據(jù)的吸收校正變得更加重要。

  很多人都在糾結(jié)我是不是需要做吸收校正。實(shí)際上，APEX3軟件正常的數(shù)據(jù)還原中已經(jīng)包含了吸收校正，我們其實(shí)需要關(guān)心的應(yīng)該是吸收校正是否恰當(dāng)。不恰當(dāng)?shù)奈招ＵＲ?jiàn)導(dǎo)致的問(wèn)題是不尋常的Q峰，以及不正常的原子位移因子。很多人經(jīng)常把這些Q峰簡(jiǎn)單地歸結(jié)于鬼峰，而并沒(méi)有仔細(xì)查看數(shù)據(jù)還原是否恰當(dāng)。正常的晶體都不會(huì)是球形的，因而不同方向的衍射會(huì)因路徑不同而引起透過(guò)率的不同。如果因路徑不同而引起透過(guò)率明顯不同就必須進(jìn)行吸收校正（absorption correction）（摘自陳小明《單晶結(jié)構(gòu)分析》）。晶體對(duì)X射線(xiàn)的吸收取決于μ值（吸收系數(shù)）大小和晶體大小以及形狀。對(duì)μ值越大，形狀明顯偏離球形的晶體，吸收校正越重要。

  APEX3軟件提供了準(zhǔn)確的multi-scan半經(jīng)驗(yàn)吸收校正以及Faces Index數(shù)字校正兩種不同的吸收校正方法。我們可根據(jù)需要，選擇一個(gè)恰當(dāng)?shù)姆椒?。但是不管是哪種方法，實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的采集都才是決定終數(shù)據(jù)質(zhì)量的重要因素。對(duì)于強(qiáng)吸收的晶體，需要注意的是：

1.晶體要小。吸收越強(qiáng)，晶體相對(duì)就要越小。

2.數(shù)據(jù)采集的多重度要高，而不是僅僅追求完整度。

Multi-Scan 吸收校正

  不同的晶體有不同的μ值。如果μ值明顯偏大，且晶體也偏大，默認(rèn)的吸收因子參數(shù)就無(wú)法滿(mǎn)足了。

 ▲Fig.1Multi-scan

  這里的Mu值可通過(guò)軟件計(jì)算獲得，也可在結(jié)構(gòu)精修的.lst文件中找到。r是等價(jià)的晶體尺寸，單位是mm。實(shí)際操作中通?？蛇x擇晶體的平均的尺寸，或體積計(jì)算出的等價(jià)球半徑尺寸。

Faces index數(shù)字吸收校正

  數(shù)字吸收校正的前提是必須準(zhǔn)確的描述出晶體的形狀，包括晶體各個(gè)面的取向以及光路通過(guò)的距離。晶體的圖像可以在數(shù)據(jù)收集時(shí)采集crystal video，也可在Index crystal faces界面中采集。APEX3 軟件提供了強(qiáng)大，非常容易使用的Face index界面。一旦晶胞參數(shù)確定，取向矩陣也就隨之確定下來(lái)，我們就可以輕松地對(duì)晶體表面進(jìn)行指標(biāo)化，描述晶體各個(gè)方向的形狀和大小。隨后，我們就可以在APEX3軟件中選擇數(shù)字吸收校正的方法。

Suggestion From George Sheldrick

As discussed in the SADABS paper (J. Appl. Cryst. 48(2015) 3-10) this correction assumes that the crystal is bathed in a beam ofuniform intensity, which is rarely true for a modern microsource that has anapproximately Gaussian beam profile. So although the face-indexed correctionwas good for a sealed tube and monochromator, it is now usually no better thanthe empirical correction (and a lot more effort). The best one can do with avery strongly absorbing sample is (a) use a very small crystal, (b) use awavelength for which the absorbtion is smaller (e.g. AgKa) and (c) collect manyequivalent reflections using scans about different axes relative to thecrystal.

  - George Sheldrick